شهید علی خلیلی 15 روز قبل از شهادت نامه‌ای به رهبر معظم انقلاب نوشت و در آن نسبت به برخی اظهارات که در قبال اقدام خود می‌شنید، واکنش نشان داد.
به گزارش جهان به نقل از تسنیم، شهید علی خلیلی، شهید امر به معروف و نهی از منکر که در جریان درگیری با اشرار دچار سانحه شده بود روز سوم فروردین 1393 بعد از تحمل ماه‌ها درد و بیماری به شهادت رسید. نامه‌ای از شهید خلیلی خطاب به رهبر معظم انقلاب منتشر شده است و او در این نامه نسبت به برخی اظهارات در قبال عملی که انجام داده سخن گفته است. او در نامه خود به رهبر معظم انقلاب نوشته است که :«آقاجان!بخدا دردهایی که می‌کشم به اندازه ی این درد که نکند کاری بر خلاف رضایت شما انجام داده باشم مرا اذیت نمی‌کند. مگر خودتان بارها علت قیام امام حسین(ع) را امر به معروف و از منکر تشریح نفرمودید؟مگر خودتان بارها نفرمودید که بهترین راه اصلاح جامعه تذکر لسانی است؟ یعنی تمام کسانی که مرا توبیخ کردند و ادعای انقلابی‌گری دارند حرف شما را نمی فهمند؟»

شهید علی خلیلی بعد از اتفاق آن شب نیمه شعبان که بر اثر پاره شدن شاهرگ گردنش به دلیل اصابت چاقو و ساعت‌ها طول کشیدن بستری شدنش در یک بیمارستان به بستر بیماری افتاد؛ در طول این چند سال با هزینه‌های عجیب درمان مواجه شد به گونه‌ای که خانواده او بخش قابل توجهی از سرمایه، خانه و وسایل زندگی خود را برای درمان او هزینه کردند.

متن کامل نامه شهید علی خلیلی به شرح زیر است:

سلام آقا جان!
امیدوارم حالتان خوب باشد. آنقدرخوب که دشمنانتان از حسودی بمیرند و از ترس خواب بر چشمانشان حرام باشد. اگر از احوالات این سرباز کوچکتان خواستار باشید،خوبم؛دوستانم خیلی شلوغش میکنند. یعنی در برابر جانبازی هایی که مدافعان این آب و خاک کرده اند،شاهرگ و حنجره و روده و معده من عددی نیست که بخواهد ناز کند… هر چند که دکترها بگویند جراحی لازم دارد و خطرناک است و ممکن است چیزی از من نماند…من نگران مسائل خطرناک تر هستم… من میترسم از ایمان چیزی نماند. آخر شنیده ام که پیامبر(ص) فرمودند: اگر امر به معروف و نهی از منکر ترک شود، خداوند دعاها را نمی شنود و بلا نازل میکند. من خواستم جلوی بلا را بگیرم.اما اینجا بعضی ها میگویند کار بدی کرده ام. بعضی ها برای اینکه زورشان می آمد برای خرج بیمارستان کمک کنند میگفتند به تو چه ربطی داشت؟!!مملکت قانون و نیروی انتظامی دارد!ولی آن شب اگر من جلو نمی رفتم، ناموس شیعه به تاراج میرفت ونیروی انتظامی خیلی دیر میرسید. شاید هم اصلا نمی رسید…یک آقای ریشوی تسبیح بدست وقتی فهمید من چکار کرده ام گفت : پسرم تو چرا دخالت کردی؟ قطعا رهبر مملکت هم راضی نبود خودت را به خطر بیندازی!من از دوستانم خواهش کردم که از او برای خرج بیمارستان کمک نگیرند، ولی این سوال در ذهنم بوجود آمد که آقاجان واقعا شما راضی نیستید؟؟ آخر خودتان فرمودید امر به معروف و نهی از منکر مثل نماز شب واجب است.آقاجان!بخدا دردهایی که میکشم به اندازه ی این درد که نکند کاری بر خلاف رضایت شما انجام داده باشم مرا اذیت نمیکند. مگر خودتان بارها علت قیام امام حسین(ع) را امر به معروف و از منکر تشریح نفرمودید؟مگر خودتان بارها نفرمودید که بهترین راه اصلاح جامعه تذکر لسانی است؟یعنی تمام کسانی که مرا توبیخ کردند و ادعای انقلابی گری دارند حرف شمارا نمی فهمند؟؟یعنی شما اینقدر بین ما غریب هستید؟؟رهبرم!جان من و هزاران چون من فدای غربتت. بخدا که دردهای خودم در برابر درد های شما فراموشم میشود که چگونه مرگ غیرت و جوانمردی را به سوگ مینشینید.آقا جان!من و هزاران من در برابر درد های شما ساکت نمی نشینیم و اگر بارها شاهرگمان را بزنند و هیچ ارگانی خرج مداوایمان را ندهد بازهم نمی گذاریم رگ غیرت و ایمان در کوچه های شهرمان بخشکد.

بشکست اگر دل من بفدای چشم مستت
سر خمَ می سلامت شکند اگر سبویی